Brain Powerd se encuentra en un momento futuro en el que la Tierra ha sido afectada por terremotos e inundaciones. La fuente de esto es un trazado de una nave espacial gigantesca, ajeno apodado “Orphan”, que se encuentra en las profundidades del Océano Pacífico. Los científicos Kensaku Isami y Midori trabajo Isami en Huérfanos con el fin de descubrir sus vastos conocimientos, llegan a la superficie de la Tierra con la nave y viajar a la galaxia, lo que resulta en la aniquilación de todas las formas de vida en la Tierra. Sus agentes, los “recicladores” , mechas piloto de la vida orgánica (o “anticuerpos”) en el Gran Ejército Cher, y tratar de recuperar las placas vitales de Huérfanos de discos que se encuentran dispersos por todo el planeta. La serie comienza con la adolescencia llevar Hime Utsumiya aventurarse en una placa de disco, que revive en un anticuerpo único, llamado “Brain PowerD”, con el que forma una conexión profunda. Dentro de un año, Hime se une a un grupo que desee el contador de los ideales de los investigadores huérfano, estacionados a bordo del acorazado Noé Novis. Pronto se unieron Yu Isami, un ex-recuperador que deja huérfano después de enterarse de la catástrofe de sus padres buscan desatar. Hime y Yu pronto entrar en una aventura que puede decidir el futuro de la humanidad